O Museu Santa Maria encontra-se instalado numa casa do centro da freguesia de Santo Espírito. Ocupa um edifício de dois pisos e dispõe de um anexo que serve como reserva. Este imóvel construído no início do século XX, denota na sua arquitetura algumas das alterações sofridas ao longo do tempo, não se podendo considerá-lo como uma casa tipicamente rural. Dos elementos arquitetónicos mais relevantes, destacam-se as duas chaminés tubulares e a forma bojuda do forno, elementos característicos da arquitetura rural mariense.
Na década de noventa do século XX este imóvel sofreu obras de adaptação para a nova função que lhe está cometida.
A história do Museu de Santa Maria recua até ao fim da década de 60 do século XX e incios da década seguinte por iniciativa do Pároca da Freguesia de Santo Espírito José Maria Amaral, que iniciou uma exaustiva recolha de peças junta da comunidade no sentido de preservar a sua identidade. Inaugurando o então Museu Etenográfico e Paroquial de Santo Espírito, mais tarde e já na tutela da Cultura passou a Casa Etenográfica e em 1996, foi inaugurado oficilamente como Museu da Ilha de Santa Maria.